從NERV位于德國的第三支部隊出動的EVA第2部隊，在負責護航任務的太平洋艦隊中，美里、真嗣一行人第一次遇到了另一位能干的明日香。此外，美里的前戀人梶良治也回到了日本。途中，艦隊在水中遭到第六使徒的襲擊。明日香把真嗣拉進二號機的駕駛艙，一起攻擊。然而使徒們很快就吸收了2號機，該機裝備了B型裝甲，無法進行水下攻擊。在入口處。美里提出零距離射擊計劃，眾人渡過難關，消滅了使徒。第二天，明日香也轉到了真嗣的班級。值得一提的是，負責配音明日香的宮村優(yōu)子為了這個角色專門去了德國補習班。副標題是明日香的攻擊。