“血腥星期一”恐怖事件兩年后，另一個電話震驚了整個日本。通話內容是“明晚8點，一顆核彈將在東京爆炸”。來電者是折原麻也，她和兩人都與去年的恐怖事件有關。接電話的人是現(xiàn)任首相九條明彥。接到瑪雅的電話后，九條立即聯(lián)系了秘密警察組織THIRD-i的成員，但霧島五郎并沒有出現(xiàn)。荻原太郎是新任負責人。另一方面，自從那次可怕的事件發(fā)生后，由于失去了許多朋友而無法從打擊中站起來的高木藤丸(三浦春馬 飾)一直過著低調的生活，不想再次被人看到。然而，他的工作場所卻突然遭到神秘女刺客的襲擊，事情急轉直下，藤丸帶著共事的水澤響(黑川智花 飾)逃跑了。在九條音也和淺田葵面前，音也的祖父九條明彥突然遭到神秘人的襲擊。正在調查這起恐怖事件的 THIRD-i 最終確定了攜帶核彈的飛機。然而，飛機上坐著的是兩年前恐怖事件的頭目J。一架攜帶真正核彈的飛機抵達東京上空，核彈爆炸，摧毀了東京。倒計時開始，秋原立即下令召喚高木藤丸的獵鷹。