決斗者王國章節(jié)千年神器中的千年之眼的擁有者貝卡·J·克羅弗多用黑暗決斗挑戰(zhàn)武藤游戲，但武藤游戲因時(shí)間終結(jié)而被擊敗的神秘錄像帶武藤雙六的靈魂也受到了千年之眼的力量影響能量的數(shù)量被封印在靈魂封印卡中（漫畫版是貝卡斯發(fā)來的游戲錄像帶）為了拯救靈魂被囚禁的祖父，武藤游戲和伙伴們前往決斗者王國尋找貝卡的決斗與心中的另一個(gè)自己并肩作戰(zhàn)戰(zhàn)城第一部決斗者王國的戰(zhàn)斗結(jié)束，武藤游戲的人氣瞬間上升神秘的埃及石碑來到日本展出，涉及千年神器的秘密、三千年前的戰(zhàn)斗、三張神卡，以及千年積木中隱藏的未知為了紀(jì)念法老，海馬瀨人偶然獲得了一張神卡：方尖碑巨神兵為了得到剩下的兩張神卡，他在道筱市舉行了一場比武

決斗比賽以撲克牌為規(guī)則。

與此同時(shí)，全新的下一代決斗盤也被揭曉為了找到自己心中的另一段記憶，那就是無名法老的記憶，武藤游戲必須收集三張神卡卡牌也參加了本次比賽各路玩家展開對(duì)決，收集六張拼圖卡，贏得最終參與權(quán)；神秘的大師集團(tuán)派出的稀有卡牌獵人也參與其中奈亞篇（原創(chuàng)動(dòng)畫）當(dāng)戰(zhàn)斗機(jī)飛艇在人工島上行駛時(shí)，飛艇系統(tǒng)遭受了外部入侵，重寫了系統(tǒng)，改變了航線這座阻擋武藤游戲等人的巨大移動(dòng)堡壘到底是什么？之前被游戲等人擊敗的“五巨頭”，為了搶奪游戲等人的尸體，被拉入虛擬世界展開決斗在決斗中，他們發(fā)現(xiàn)，隱藏在五位長老身后的那個(gè)名叫奈亞的孩子，竟然是海馬養(yǎng)父海馬剛?cè)傻膬鹤樱?！一場偉大的戰(zhàn)爭即將開始戰(zhàn)城第二部戰(zhàn)城的最終戰(zhàn)斗開始了每個(gè)決斗者都有自己的戰(zhàn)斗理由城之內(nèi)想要成為真正的決斗者并拯救受到馬利克黑暗游戲懲罰的麻衣海馬想要與他的宿敵游戲戰(zhàn)斗并鏟除可惡的古魯斯首領(lǐng)并得到太陽神

為了實(shí)現(xiàn)海馬樂園的夢(mèng)想，游戲履行了對(duì)城之內(nèi)的承諾，與海馬進(jìn)行命運(yùn)的對(duì)抗，拯救了被黑暗馬利克懲罰的人們，并恢復(fù)了失去的記憶。

他告訴馬力克宣戰(zhàn)多瑪篇（原作動(dòng)畫）戰(zhàn)城結(jié)束后，武藤游戲被不明力量擋住，三張神卡也被名為多瑪三劍客的人撕走了這個(gè)神秘的多瑪組織清除神卡的目的是什么？那么，神秘卡牌——“奧利哈幫結(jié)界”所擁有的一些黑暗能量，會(huì)給使用這張卡牌的人帶來什么樣的變化呢？來自精靈世界的黑魔法少女向武藤游戲求助人類世界和精靈世界的命運(yùn)將會(huì)如何？無名傳奇龍將如何幫助余宇等人？海馬組比賽（原創(chuàng)動(dòng)畫）多瑪事件后，武藤游戲和他的同伴因?yàn)闆]有錢而無法返回日本他們無奈向海馬集團(tuán)請(qǐng)?jiān)?，卻意外進(jìn)入海馬集團(tuán)維護(hù)名譽(yù)的競爭之中來自世界各地的決斗者齊聚于此，一場別開生面的比拼開始了紀(jì)念國王為了尋找真名，找回寄居在千年建筑中的無名法老靈魂，武藤游戲和他的朋友們踏上了埃及之旅在記憶碑的背后，他們解開了無名法老的過往記憶此時(shí)，他已經(jīng)準(zhǔn)備出手，利用千年智慧之輪的黑暗力量，去執(zhí)行紀(jì)念石中的計(jì)劃在這款黑暗RPG游戲中，直接以無名法老的記憶作為背景從這場黑暗游戲中，黑暗游戲必須找到自己的真名，了解自己的過去，打敗邪神

佐克，重新封印它，不然大邪神佐克將會(huì)在現(xiàn)實(shí)世界中再次崛起。