蜂巢被摧毀后，安布雷拉派人重新進(jìn)入蜂巢，想要了解里面發(fā)生了什么結(jié)果，派來(lái)的人立刻就被喪尸殺死了僵尸從蜂巢門(mén)沖了出來(lái)，整個(gè)浣熊市很快就被感染了

。

為了掩蓋真相，保護(hù)傘公司準(zhǔn)備用一顆5000噸重的核彈毀滅浣熊市，并向外界聲稱(chēng)是它導(dǎo)致了核電站堆芯熔化和泄漏在浣熊市徹底毀滅前夕，安布雷拉公司疏散了所有公司高管和科學(xué)家，包括博士艾肯弗，T病毒的真正發(fā)明者，但她的女兒卻因車(chē)禍未能及時(shí)撤離博士艾肯福廣泛發(fā)表了一項(xiàng)英雄聲明，承諾無(wú)論誰(shuí)能幫助他找回女兒，都會(huì)告訴他如何在浣熊市被摧毀之前離開(kāi)浣熊市為了逃脫，愛(ài)麗絲也踏上了營(yíng)救之旅，并結(jié)識(shí)了將一起冒險(xiǎn)的朋友們T病毒實(shí)際上是由博士發(fā)明的

艾肯弗照顧她的女兒，她也患有癱瘓。

T病毒具有復(fù)活死亡細(xì)胞的能力艾肯福博讓女兒定期注射T病毒解毒劑，控制T細(xì)胞活性，讓她下肢死亡的細(xì)胞以能夠正常行走的速度復(fù)活同時(shí)，她還定期接受解毒注射還可以防止女兒體內(nèi)的T病毒發(fā)生變異看到這項(xiàng)發(fā)明在基因武器中的價(jià)值，安布雷拉公司控制了發(fā)明者，博士

艾肯弗掌握了公司，并把發(fā)明據(jù)為己有，投入巨資建造蜂巢，將T病毒武器化，這也是《生化危機(jī)》系列的背景。

在第一部結(jié)尾馬特和愛(ài)麗絲被安布雷拉公司抓獲后，安布雷拉公司趁機(jī)用T病毒對(duì)人類(lèi)進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，并對(duì)他們進(jìn)行基因改造，稱(chēng)為復(fù)仇計(jì)劃 T病毒在馬特體內(nèi)發(fā)生變異，但T病毒卻與愛(ài)麗絲融合保護(hù)傘公司冷血地要求馬特殺死浣熊市保護(hù)平民的特警來(lái)測(cè)試他的身手，并且他們還利用人質(zhì)來(lái)威脅愛(ài)麗絲和馬特有一場(chǎng)決斗，愛(ài)麗絲贏了 T病毒似乎無(wú)法抹去記憶，于是愛(ài)麗絲喚醒了馬特，馬特在關(guān)鍵時(shí)刻犧牲了自己的生命來(lái)拯救愛(ài)麗絲在馬特的幫助和大家的共同努力下，下令城內(nèi)大屠殺的傘連連長(zhǎng)肯最終在浣熊市被喪尸活活吃掉，造成了后遺癥雖然愛(ài)麗絲等人乘坐直升機(jī)逃了出來(lái)，但直升機(jī)因核彈的沖擊波而墜毀，但墜機(jī)現(xiàn)場(chǎng)并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)除了愛(ài)麗絲以外的其他尸體身受重傷的愛(ài)麗絲再次被安布雷拉公司發(fā)現(xiàn)并帶回實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行修復(fù)最終，和愛(ài)麗絲一起乘坐直升機(jī)逃生的朋友們不小心撞到了雨傘底座，救出了愛(ài)麗絲，但對(duì)講機(jī)卻說(shuō)：讓他們走吧，開(kāi)始愛(ài)麗絲的計(jì)劃……看來(lái)一切還是在母公司的掌控之中電視報(bào)道還稱(chēng)浣熊市發(fā)生了嚴(yán)重的核事故就連有關(guān)保護(hù)傘公司的爆料也被認(rèn)為是騙局總督還親自感謝保護(hù)傘公司的幫助……如果第一部分是《生化危機(jī)之猛龍過(guò)江》，那么該部分的第二部分是《生化危機(jī)之只手遮天》