第 1 集 不尋常的嫌疑人1990年，穆德追蹤到這名女子并結(jié)識了獨行俠四人一起從這個女人的經(jīng)歷中了解到了政府的陰謀第 2 集 尋找真相（第 1 部分）ReduxMulder的自殺只是煙霧他想利用這個機會滲透到國防部并找到治療Scully癌癥的方法

克里奇高一邊扶他進入五角大樓的證物室一邊教訓他。

他順著線索找到了瓶子，里面裝的卻是純凈水 Scully還為Mulder分析了冰芯樣本，并得出外星人可能仍然存在的結(jié)論第 3 集 追求真理（第 2 部分） Redux II斯嘉麗生病了斯金納也前來救援他們發(fā)現(xiàn)瓶子里有一個芯片，如果把它放回Scully的脖子上，就能治愈癌癥 CSM 允許 Mulder 會見他的妹妹他們還發(fā)現(xiàn)，所謂的騙局只是冰山一角陰謀達到頂峰時，發(fā)生了一場大清洗第4集 人與獸迂回的秘密有人消失在原始森林里據(jù)說這是由生活在森林中的一種生物引起的，它會根據(jù)環(huán)境改變顏色穆德和斯高麗順便過來幫助調(diào)查晚上他們都被困在樹林里，Mulder讓Scully唱歌讓他入睡第5集 孤獨的旅程（第1部分）圣誕頌歌斯嘉麗發(fā)現(xiàn)她有一個女兒第6集弗蘭肯斯坦后現(xiàn)代普羅米修斯生物科學家試圖創(chuàng)造弗蘭肯斯坦，但后來放棄了科學家的父親收留了這個弗蘭肯斯坦，并偷偷向兒子學習了如何創(chuàng)造女性弗蘭肯斯坦的技能，這樣他就不會感到孤獨一位科學家殺死了他的父親并歸咎于一個怪胎第7集 孤獨之旅（第二部分）艾米麗Scully想收留她的女兒，但顯然有人不同意最終，她失去了艾米麗第8話獵狐計劃狐常Modell 在 3X17 中逃脫，Mulder 和 Scully 負責追回他 Modell還有一個比他更加無情的妹妹，想要替他向Mulder報仇第9集 分裂，殺害父親的真正兇手心理咨詢師因為小時候經(jīng)歷過父親對她的嚴厲對待，把她身邊所有孩子的問題都歸咎于她的父親，而且她還掌控著住處附近的土壤和樹根！恐怖娃娃精第10集一名水手捕龍蝦時發(fā)現(xiàn)了一根繩子上的木偶，并將其送給了他的女兒沒想到這個娃娃被詛咒了，會按照主人的意愿殺死主人討厭的人Scully正在度假，當?shù)鼐炀珠L纏著她幫忙破案 Mulder對Scully說：我很高興！第11集 惡魔腦殺開關為了防止其創(chuàng)造者殺死自己，一臺與世界相連的計算機工作站制定了一個復雜的計劃來殺死創(chuàng)造者 Mulder和Scully經(jīng)歷了一些波折，并在共同創(chuàng)造者的幫助下摧毀了他但在她被毀滅之前，女孩追隨了她的愛人，并將她的想法上傳到了互聯(lián)網(wǎng)上第12集新吸血鬼壞血Mulder和Scully各自講述了他們?nèi)绾吻巴蛔℃?zhèn)調(diào)查吸血鬼的故事，細節(jié)卻大相徑庭但最終整個城市消失了第 13 集 X 病人 (第 1 部分) X 病人CSM的妻子找到了Mulder，告訴他外星人確實存在，而且他們都是好人 Mulder簡直不敢相信隨著斯卡利的妻子和 CSM 都被綁架，他們在一天晚上受到啟發(fā)，與其他被綁架者聚集在一座橋上，并被外星叛軍縱火焚燒第14集X病人（第二部分）紅與黑斯嘉麗很幸運辛迪加意識到外星叛軍的力量已經(jīng)成熟，并開始與他們作戰(zhàn)他們抓獲了叛軍，并計劃立即將他交給殖民外星人但WMM認為這是一個叛逆的機會如果克雷切克從俄羅斯偷來的疫苗能有效對抗黑油，那么他們手上就有武器了；如果無效，他們就會鋌而走險，與叛軍結(jié)盟最終，疫苗是有效的；外星叛軍囚犯在穆德眼前被他們的同伙救出，并前往賞金殺手第15話 旅行者這位退休特工向 Mulder 講述了 40 多年前他處理過的一個案件，當時政府開始進行人體實驗 Mulder的父親在這起案件中扮演了重要角色第16話 心靈之眼盲人女孩可以看到她父親看到的東西父親被殺、被搶劫的事情，她都看得一清二楚出于自證其罪，她每次都是第一個趕到現(xiàn)場銷毀證據(jù)但他的父親并不知道她是誰，只知道她知道他的一切第17集 靈魂的告白 All Souls根據(jù)圣經(jīng)傳說，天使降臨人間，與凡間婦女結(jié)合，生下了四位墮落天使他們被變形并受到虐待六翼天使有責任在魔鬼將他們據(jù)為己有之前將他們召喚回天堂因為這個神話，Scully經(jīng)歷了這一次第 18 集 派恩布拉夫變體穆德參加了一次調(diào)查恐怖分子使用生物毒素的臥底行動，后來被發(fā)現(xiàn)并險些被處決后來他才知道，整個行動，從恐怖分子到臥底調(diào)查員，可能是中央情報局幫助政府測試生物毒素的計劃第 19 集 Folie A Deux一名公司員工劫持了整個公司，認為他的老板是一個怪物，并將每個人都變成了僵尸 Mulder自愿成為人質(zhì)并看到了怪物但沒有人相信他，因為他反應太快，把他送進了醫(yī)院后來，Scully也看到了這一點，并幫助Mulder逃脫了怪物的攻擊第20話神童的終結(jié)一位國際象棋神童被謀殺聯(lián)邦調(diào)查局正在調(diào)查此案，穆德的前伴侶/女友福利也參與了調(diào)查 CSM 并沒有死，而是被辛迪加帶回來，以幫助恢復奇跡這個讀心術的孩子原來是一個“完美”的人類樣本，他體內(nèi)的所有基因開關都被打開，而正常人不會使用

CSM 最終成功并燒毀了 X 檔案辦公室。